المترونيدازول بصورة عامة يمكن تحمله بشكل جيد إلا أن من الشائع حصول أعراض خفيفة مثل الصداع،أرق, تهيج في جهاز الهضم, وطعم معدني مستمر، وبصورة أقل تواتراً نعاس، طفح جلدي، وبول داكن. التفاعلات الأكثر خطورة نادرة وتحصل فقط خلال إطالة فترات المعالجة وهي تتضمن، التهاب الفم، داء المبيضات.